Po długich wahaniach Yoshinobu Tokugawa przychylił się do tej opinii. Uległ jej także cesarz i wydał rozkaz ukarania „wrogów tronu” (chōteki). Nastąpiła mobilizacja sił przeciwko Chōshū, ale formowanie armii przebiegało zbyt wolno i dopiero w połowie 1866 roku doszło do pierwszego starcia zbrojnego bakufu z wojownikami (także mieszczanami i chłopami) Chōshū. W trakcie przeciągających się walk w Osace zmarł na atak serca młody siogun Iemochi. Jego śmierć ukrywano przez miesiąc, walki trwały, a armia bakufu ponosiła kolejne klęski. Dwa miesiące później Yoshinobu nakazał wszczęcie rokowań i w końcu doszło do rozejmu, armia bakufu została rozwiązana. Han Chōshū wyszedł z tej próby zwycięsko, a autorytet bakufu ucierpiał boleśnie.
Po śmierci sioguna Iemochiego Tokugawy (1846–1866) pod koniec 1866 roku, Yoshinobu został piętnastym siogunem. Był pierwszym władcą z tego rodu, który nigdy nie postawił stopy w zamku Edo. Zaraz po objęciu przez niego stanowiska Japonia stanęła w obliczu gwałtownych zmian ustrojowych. Podjęto działania, które miały na celu zreformowanie i wzmocnienie rządu Tokugawów.