Szczególną rolę w tej akcji odegrały tzw. Einsatzgruppen – specjalne grupy operacyjne SD i policji bezpieczeństwa podążające w ślad za oddziałami regularnej armii z zadaniem „zwalczania wszystkich wrogich Rzeszy i Niemcom elementów na tyłach walczących wojsk” oraz „ujęcia osób niepewnych pod względem politycznym”.
Plan wysiedlenia polskich Żydów na tereny zajęte przez Armię Czerwoną nie został ostatecznie zrealizowany – m.in. z powodu niechęci władz sowieckich do przyjmowania tak wielkiej liczby uchodźców. Zanim jednak Sowieci uszczelnili granicę, funkcjonariusze Einsatzgruppen zdążyli wypędzić tysiące Żydów za Bug i San. Niemcy dopuścili się przy tym szeregu mordów, rabunków, gwałtów i podpaleń. Szczególnie brutalny przebieg miało zwłaszcza wypędzanie ludności żydowskiej z terenów południowej Polski (Górny Śląsk, Małopolska), gdzie operowała Einsatzgruppe I dowodzona przez SS-Brigadeführera Bruno Streckenbacha. Jeden z pododdziałów tej grupy – Einsatzkommando 3/I dowodzone przez SS-Sturmbanführera dr. Alfreda Hasselberga – na samym tylko odcinku między Sandomierzem a Jarosławiem wypędził za San ok. 18 tys. Żydów. Z kolei w Dynowie nad Sanem Einsatzkommando 1/I dowodzone przez SS-Sturmbannführera dr. Ludwiga Hahna przepędziło wpław przez rzekę wszystkich żydowskich mieszkańców, dokonując przy tym szeregu mordów i podpaleń.