Einsatzgruppe I została wkrótce wsparta przez kolejną jednostkę specjalną. Początkowo kierownictwo SS planowało, że w kampanii przeciw Polsce uczestniczyć będzie pięć Einsatzgruppen. W pierwszych dniach września do Reichsführera-SS Heinricha Himmlera zaczęły jednak dochodzić meldunki o „polskim powstaniu” rozwijającym się rzekomo na Górnym Śląsku. Z tego względu już 3 września zorganizowano kolejną grupę operacyjną – tzw. Einsatzgruppe zur besonderen Verwendung pod dowództwem SS-Obergruppenführera Udo von Woyrscha. Pierwotnie jej zadaniem miała być wyłącznie pacyfikacja Górnego Śląska. Po upływie kilku dni dla niemieckiego dowództwa stało się jednak jasne, że meldunki o „polskim powstaniu” były mocno przesadzone. 7 września Himmler mianował więc Woyrscha specjalnym dowódcą policji przy 14 Armii, po czym polecił jego jednostce ruszyć dalej na wschód. Szlak przemarszu Einsatzgruppe z.b.V. znaczyły płonące synagogi i masowe mordy na Żydach. Między innymi, 9 września podkomendni Woyrscha dokonali pogromu w Będzinie, gdzie spalili synagogę i zamordowali kilkuset Żydów. Jego jednostka dokonała także masakry 50 Żydów w Trzebini oraz spaliła synagogę w Katowicach (8 września). Po dotarciu nad San Einsatzgruppe z.b.V.