Kiedy w 1945 r. Indonezja uzyskała niepodległość, Instytut Szkolnictwa Wyższego (BPTRI) otworzył w Dżakarcie trzy wydziały: medycyny i farmacji, literatury oraz prawa. Pierwszych 90 absolwentów medycyny opuściło go jeszcze w tym samym roku. Jednak po tym, jak holenderska armia zajęła Dżakartę pod koniec 1945 r., BPTRI przeniósł swoje placówki do Klaten, Surakarty, Yogyakarty, Surabayi i Malangi. W 1946 r. holenderski rząd kolonialny założył w Dżakarcie Nood Universiteit. Rok później jego nazwę zmieniono na Universiteit van Indonesie (UVI). W 1950 r. po ostatecznym uznaniu niepodległości państwa indonezyjskiego przez Holandię, Indonezyjska Rada Rewolucyjna zarządziła utworzenie w Dżakarcie państwowego uniwersytetu, w skład którego weszła część wydziałów BPTRI oraz były UVI.