Odpowiedzialność sprawców Na wieść o masakrze dowódca 29. Dywizji Zmotoryzowanej, generał Joachim Lemelsen, polecił aresztować kapelmistrza. Ten bronił się jednak twierdząc, że działał na podstawie odgórnego rozkazu. Lemelsen wystosował więc w tej sprawie zapytanie do sztabu Grupy Armii „Południe”. Jej dowódca, generał Gerd von Rundstedt, zaprzeczył istnieniu zarządzenia ws. likwidacji Żydów i polecił postawić esesmana przed sądem wojennym. 22 września Lemelsen otrzymał ze sztabu XV Korpusu Armijnego polecenie przewiezienia kapelmistrza do Berlina (celem osądzenia). Müller-John zwrócił się jednak o pomoc do dowódcy LSSAH, SS-Obergruppenführera Josepha „Seppa” Dietricha. Ten osobiście ujął się za swym podwładnym u samego HitleraNieco inną wersję wypadków przedstawili autorzy opracowania Einsatzgruppen w Polsce. Ich zdaniem to dowódca niemieckiej 10. Armii, generał Walter von Reichenau, zadzwonił w tej sprawie do Hitlera. Ten miał oświadczyć, że kwestia masakry w Błoniu pozostaje w kompetencjach Reichsführera-SS Heinricha Himmlera, a Reichenau bez słowa sprzeciwu zaakceptował ograniczenie swojej władzy sądowniczej.