Podczas powstania styczniowego spieszył z posługą sakramentalną rannym powstańcom. 11 lipca 1864 został powtórnie aresztowany przez władze austriackie z powodu udzielenia schronienia na plebanii w Odporyszowie swojemu przyjacielowi, kapelanowi powstańców, którym był o. Barard Bulsiewicz. Na skutek interwencji Prezydium Biskupiego w Tarnowie został zwolniony po upływie dwóch miesięcy pod warunkiem wpłaty grzywny w wysokości 30 florenów.
Był promotorem Jana Wnęka, który na jego zlecenie wykonywał prace ciesielskie oraz rzeźbił figury do kaplic.
Został odznaczony przez władze kościelne przywilejem noszenia rokiety i mantoletu. Biskup tarnowski Józef Alojzy Pukalski nadał mu tytuł kanonika honorowego Kapituły Katedralnej w Tarnowie.
W zapisie testamentalnym przekazał swój bogaty księgozbiór bibliotece seminaryjnej w Tarnowie.
Zgodnie z ostatnią wolą został pochowany pod kaplicą na nowym cmentarzu w Odporyszowie. Z czasem miejsce jego pochówku uległo zapomnieniu.
Upamiętnienie thumb|Pamiątkowa tablica w prezbiterium kościoła w Odporyszowiethumb|Biskup Stanisław Salaterski przy grobie ks. Stanisława Morgensterna thumb|Pomnik ks. Stanisława Morgensterna na placu odpustowym w Odporyszowie (2025)
29. czerwca 2025 został odsłonięty pomnik ks.