W latach 1496–1508 wymieniony został dach prezbiterium, a za czasów opatów Richarda Ashtona (1438-1471) i Roberta Kirtona (1496-1528) do wschodniej, normańskiej apsydy dobudowano kwadratowy „Nowy Budynek” z prostopadłym sklepieniem wachlarzowym (zaprojektowanym przez Johna Wastella, architekta kaplicy w King’s College oraz katedry w Canterbury).
Średniowieczne relikwie thumb|left|250px|Francuska emaliowana szkatułka wykonana ok. 1180 roku, w której opat Benedykt przeniósł relikwie Tomasza Becketa do konwentu w Peterborough, kiedy został jego opatem. Obecnie znajduje się w Muzeum Wiktorii i Alberta
Dzięki żyjącemu w połowie XII wieku mnichowi, Hugonowi Candidusowi, dysponujemy szczegółowym spisem relikwii; wśród nich znajdować się miały dwie pieluszki Jezusa, część żłobka w którym się urodził, kawałek pięciu chlebów, które wykarmiły 5000 mężczyzn, kawałek szat Marii, fragment laski Aarona oraz szczątki Piotra, Pawła i Andrzeja, którym dedykowano kościół.