Dzwonnica powstała za czasów Jan z Calais (1249-1262). On także ufundował wielki dzwon, którego patronem ogłosił Oswalda z Nortumbrii. Zasługą następnego opata Ryszarda z Londynu (1274-1295) są „Londyńczyki” (średniofr. Les Londreis), jak nazywały się sprowadzone przezeń z tego miasta dzwony. Prócz tego w latach 1272–1290 powstała kaplica mariacka, umiejscowiona we wschodniej części północnego transeptu, w której spoczął jej inicjator i benefaktor (na dekorację przeznaczył 5 funtów srebra i większą część rocznego dochodu) przeor Wilhelm Parys.
XIV wiek to okres adaptacji wcześniejszych struktur. W 1321 roku runęła normańska wieża klasztoru w Ely, konstrukcją podobna do tej w Peterborough. Być może przyczyniło się to do przebudowania tej ostatniej w stylu dekoracyjno-gotyckim w latach 1350–1380 (przetrwało pierwotne obelkowanie). Niezmieniane do tej pory romańskie okna zostały wypełnione maswerkami, zaś pinakle i wieżyczki usunięto, a w ich miejsce powstały blanki.