Lata temu te ogromne torkle zostały usunięte.
Klasztor w swoich spisach wspomina też dwóch koperskich biskupów i biskupa z Novigradu, Giacoma Filippa Tomasiniego, który zapisał: „Latem przyjeżdżają mnisi z Wenecji tutaj na zabawę, gdyż jest w tych krajach zdrowy klimat i mogą mnisi iść swobodnie łowić ryby, na puste brzegi”.
Benedyktyni przez stulecia odnawiali i powiększali klasztor. Najstarsza część klasztoru jest jeszcze dziś widoczna w północno-zachodniej części budynku. W 1572 została dokończona dzwonnica, tak, że na początku XVII w. klasztor otrzymał mniej więcej taki wygląd, jaki ma do dziś. W tym samym czasie dla kościółka przy klasztorze przyjęła się nazwa San Niccolò d’Oltre (św. Mikołaj Oltrski, później San Niccolò d’Oltra), żeby koprzanie mogli go odróżnić od swojego, który stał przy koperskiej przystani. Z czasów funkcjonowania klasztoru św. Mikołaja (San Niccolò) pochodzi też sarkofag, który jest w nim wystawiony (znany jest z rzeźbionych równobocznych krzyży).