Główne linie programowe zbiorów muzeum to:
Archiwum Jerzego Ludwińskiego Tożsamość Obecne/nieobecne Sztuka krajów Grupy Wyszehradzkiej
Ponadto w zbiorach Muzeum wyróżnione zostały Archiwa Stanisława Dróżdża, Galerii pod Moną Lisą, Sympozjum Plastycznego Wrocław '70 i Pleneru Ziemi Zgorzeleckiej z 1971 roku.
Archiwum Jerzego Ludwińskiego Stała przestrzeń ekspozycyjno-badawcza, łącząca w sobie elementy wystawy, archiwum i magazynu sztuki. Ta potrójna struktura podporządkowana jest głównej roli Archiwum jaką stanowi ukazanie intelektualnej spuścizny Jerzego Ludwińskiego i jego znaczenia dla kształtowania się wrocławskiej oraz polskiej sceny artystycznej przełomu lat 60. i 70. XX wieku. Bazując na wyborze prac artystycznych i materiałów archiwalnych, zgromadzonych przez Dolnośląskie Towarzystwo Zachęty Sztuk Pięknych i Muzeum Współczesne Wrocław, Archiwum pozostaje miejscem odzwierciedlającym proces poszukiwania tożsamości instytucji na polu sztuki awangardowej.