W marcu 1944 został aresztowany przez Gestapo, a zwolniony został na początku lipca i powrócił do Warszawy, gdzie używał wówczas dokumentów na nazwisko Jan Zakrzewski. Dowodził w czasie powstania warszawskiego sformowanym przez siebie batalionem „Iwo” w rejonie ul. KruczejTworzył on odwód komendanta Obwodu Śródmieście-Południe.. Dowodzony przez niego oddział po utworzeniu 20 września 1944 Warszawskiego Korpusu AK wszedł w skład 72 pułku piechoty 28 Dywizji Piechoty Armii Krajowej im. Stefana Okrzei.
Pod nazwiskiem Jan Zakrzewski przebywał po kapitulacji oddziałów powstańczych w niemieckich obozach kolejno: stalagu w Sandbostel i Oflagu VII A Murnau, z którego 29 kwietnia 1945 został uwolniony przez oddziały amerykańskie i w czerwcu przybył do Londynu. W sierpniu 1945 przydzielony do Centrum Wyszkolenia Artylerii. Wyjechał we wrześniu z Wielkiej Brytanii jako kurier Naczelnego Wodza generała Tadeusza Komorowskiego do prezesa ZG „WiN” pułkownika Jana RzepeckiegoMiał przekazać polecenie przerwania walk bratobójczych. i przez Paryż-Meppen-Monachium-Pilzno 4 października 1945 przybył do Polski zatrzymując się u rodziny we Wrzeszczu. Przyjechał wówczas mając dokumenty na nazwisko Jan Zakrzewski, ale w październiku na rodowe nazwisko wyrobił sobie fałszywe dokumenty.