Od listopada 1939 w konspiracji w SZP-ZWZ, w której organizował przerzut ludzi przez Słowację na Węgry. Od marca 1941 mieszkał w Warszawie przy ul. Podhalańskiej 27. Od kwietnia tego roku był zastępcą Bernarda Zakrzewskiego, szefa Wydziału Bezpieczeństwa i Kontrwywiadu Oddziału II Komendy Głównej ZWZ-AK. Był wtedy w stopniu plutonowego podchorążego rezerwy. Między innymi podlegał mu bezpośrednio Referat 993. Mianowany podporucznikiem czasu wojny rozkazem L.46/BP z 10 sierpnia 1942. Bernard Zakrzewski pisał o nim we wniosku odznaczeniowym z sierpnia 1943: „Bardzo odważny, wyjątkowo pracowity, poświęcający wszystko dla służby. Sprawuje bezpośredni nadzór nad oddziałem bojowym. Jego zasługą jest zdecydowane, a jednocześnie ostrożne wkraczanie do akcji”. Razem z Franciszkiem Knappem został przypadkowo aresztowany. Występował wówczas pod nazwiskiem „Stanisław Rutkowski”. 19 lipca 1944 osadzony na Pawiaku. Nocą z 27 na 28 lipca wydostał się stamtąd, a wykupienie zorganizował Stanisław Leszczyński.