II wojna światowa W chwili wybuchu wojny miał 10 lat; zapamiętał pierwsze niemieckie bombardowanie Brwinowa, które widział w czasie przyjęcia zorganizowanego z okazji imienin matki – Bronisławy (1 września 1939). W pierwszych latach okupacji (do 1942) mieszkał i uczył się w Pruszkowie. Był tam świadkiem wywożenia Żydów do obozów ze stacji kolejowej w Pruszkowie.
W roku 1942 rodzinę przeniesiono do Warszawy (do domu pruszkowskiej elektrowni przy ul. Śliskiej), gdzie Przemysław uczęszczał na tajne komplety w Gimnazjum Wojciecha Górskiego w Warszawie. Od 1943 roku należał do „Szarych Szeregów”, w których najmłodsza grupa („Zawiszacy”) była przygotowywana do działań wywiadowczych i opanowywała sposoby bezpiecznego poruszania się po mieście (o przygotowywaniu powstania „Zawiszacy” nie byli informowani). W dniu wybuchu powstania (1 sierpnia 1944) Przemysław Trojan był zaskoczony widokiem Dywizji SS „Hermann Göring” na ul. Pięknej. W czasie powstania budował barykady, gasił pożary, nosił prowiant dla walczących i pocztę. Służył w stopniu strzelca jako łącznik Kedywu (Kolegium B). Był świadkiem samosądu, który spotkał żandarma i gestapowca, rozpoznanych wśród jeńców ze zdobytej przez powstańców PAST-y.