Po kapitulacji powstania członkom rodziny udało się uniknąć wysiedlenia – zostali uwolnieni z obozu przejściowego w Pruszkowie dzięki pomocy znajomej Niemki.
Okres powojenny W okresie powojennym rodzina przeniosła się do Gliwic, gdzie ojciec Przemysława został skierowany do pracy i otrzymał mieszkanie. Przemysław Trojan skończył gliwickie I Liceum Humanistyczne. Po maturze (1948) wrócił do Warszawy i rozpoczął studia biologiczne na Uniwersytecie Warszawskim, m.in. u zoologa, Tadeusza Jaczewskiego, które ukończył w roku 1952.
Z punktu widzenia naukowego rozwoju Przemysława Trojana było istotne, że w lata 50. XX w. były okresem, w którym profesorowie Kazimierz Petrusewicz i Kazimierz Tarwid tworzyli polską szkołę ekologiczną, z której wyszło wielu przyszłych profesorów ekologiiPoza prof. P. Trojanem polską szkołę ekologiczną reprezentują m.in. profesorowie: Roman Andrzejewski, Alicja Breymeyer, Gabriela Bujalska-Grüm, Eliza Dąbrowska-Prot, Joanna Gliwicz, Leszek Grüm i Zdzisław Kajak..