22 czerwca 1941 roku nazistowskie Niemcy dokonały inwazji na Związek Radziecki. Na wieść o wybuchu wojny litewscy strażnicy wypowiedzieli posłuszeństwo Sowietom i bezkrwawo przejęli kontrolę nad obozem. Na budynku administracji zawieszono wtedy litewską flagę. 26 czerwca w pobliżu obozu pojawiła się kolumna radzieckich czołgów, które wycofywały się z okolic Kowna. Czerwonoarmiści zarządzili zbiórkę więźniów oraz załogi na placu apelowym, po czym zmasakrowali tłum ogniem broni maszynowej. Rannych dobijano bagnetami. Ofiarą masakry padło od 400 do 500 osób. W gronie zamordowanych znalazło się 21 członków litewskiej załogi obozu, a także osiem kobiet – pracownic obozowej administracji lub żon pracowników. Wśród zamordowanych więźniów byli Polacy, lecz ich liczba jest nieznana. Masakrę przeżyły tylko dwie osoby – więziony w Prawieniszkach przodownik polskiej policji z Nowogródka oraz litewski strażnik nazwiskiem Geczys.