Wiosną 1944 roku, w związku ze zbliżaniem się frontu wschodniego, Niemcy przystąpili do stopniowej likwidacji obozu. Część więźniów wywieziono do obozów w Niemczech i Francji. W czerwcu odeszły kolejne dwa transporty: jeden skierowano do KL Stutthof, drugi do Kowna, a stamtąd do Tylży. Na początku lipca w lesie nieopodal obozu zamordowano około 211 Żydów, w tym profesorów Wydziału Sztuk Pięknych i lekarzy przywiezionych transportem kolejowym z paryskiej Sorbony. Do spalenia ich zwłok zmuszono 20 więźniów, tym pewną liczbę Polaków, których po zakończeniu pracy również zamordowano.
Pod koniec lipca załoga wraz z częścią więźniów opuściła obóz. Pozostałych osadzonych prawdopodobnie planowano zamordować, lecz zostali oszczędzeni dzięki wstawiennictwu obozowego lekarza, Marcina Błaszczaka.
W latach 1944–51 sowieckie trybunały osądziły i skazały 21 strażników, którzy w okresie niemieckiej okupacji pełnili służbę w obozie w Prawieniszkach. Otrzymali oni wyroki w wymiarze od 10 do 25 lat obozu pracy.