Współpracował z Komisją Charytatywną przy kościele św. Brygidy i udzielał gościny obcokrajowcom przyjeżdżającym do Gdańska z pomocą. Po aresztowaniu Andrzeja Gwiazdy, w grudniu 1984 roku, organizował w Kościele Mariackim w Gdańsku wraz z żoną i przyjaciółmi codzienne modlitwy o uwolnienie więźniów politycznych. Po wypuszczeniu Andrzeja Gwiazdy, kontynuował je raz w tygodniu, w czwartki. Redaktor naczelny biuletynu Solidarności Walczącej Oddział Trójmiasto (do grudnia 1986). 20 lutego 1985 został ponownie aresztowany i osadzony w Areszcie Śledczym w Gdańsku. 11 lipca tego samego roku został uniewinniony przez Sąd Rejonowy w Gdańsku i zwolniony. W wyniku rewizji skazano go w II instancji na jeden rok więzienia w zawieszeniu na trzy lata oraz grzywnę.
Chorował na nadciśnienie tętnicze i chorobę wieńcową. 19 stycznia 1987 doznał wylewu krwi do mózgu. Zmarł następnego dnia w szpitalu, w wieku zaledwie 48 latStanisław Kowalski – skromny informatyk, który rzucił wyzwanie systemowi. Jego pogrzeb stał się wielką manifestacją patriotyczną. Pośmiertnie, w 2007 roku, Stanisław Kowalski został odznaczony przez Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz Krzyżem Wolności i Solidarności (2015)Stanisław Kowalski działacz opozycji demokratycznej.