Przyznane fundusze były jednak niewystarczające do realizacji całego zakresu, dlatego w styczniu 1987 ograniczono budowę małego okręgu do zakresu umożliwiającego realizację w ramach CPBR. W marcu 1987 zaktualizowano założenia techniczno-ekonomiczne inwestycji, według których do 1990 miał zostać zrealizowany mały okrąg z ograniczonym układem torowym, a do 1994 układ ten miał zostać rozbudowany. Duży okrąg zaś miał być realizowany w okresie od 1994 do 1997.
Ostatecznie w połowie 1987 rozpoczęto budowę małego okręgu. Do II kwartału 1989 przebiegała ona stabilnie i zgodnie z planem. 13 maja 1989 UPTiW wstrzymał finansowanie inwestycji, która była wówczas ukończona w 50%. Dalsze finansowanie budowy zapewniała Dyrekcja Generalna PKP. Inwestycja ponadto była dotowana m.in. przez zakłady przemysłowe, Centralny Fundusz Rozwoju Nauki i Techniki oraz Komitet Badań Naukowych, co pozwoliło utrzymać ciągłość robót. Do końca 1990 wykonane prace stanowiły 82% robót przewidzianych w planie realizacyjnym. Po 1992 nastąpił najtrudniejszy okres budowy związany z transformacją ustrojową. 23 marca 1992 PKP zdecydowało o wstrzymaniu realizacji toru do 1993.