Federacja Rosyjska miała nadzieję, że wraz z nowym lewicowym rządem Polski, utworzonym w październiku 2001 roku, ich wzajemne relacje ulegną poprawie. Także po stronie rosyjskiej miała miejsce zmiana, prezydent Władimir Putin nakreślił nową politykę zagraniczną względem Zachodu. Dążył do współpracy z NATO, a także po atakach terrorystycznych z 11 września 2001 roku na USA opowiedział się po stronie koalicji antyterrorystycznej. W grudniu 2001 z wizytą w Moskwie przebywał nowy premier Polski Leszek Miller, a w styczniu 2002 wizytę w Polsce złożył prezydent Rosji Władimir Putin.

Zamknięcie śledztwa w sprawie zbrodni katyńskiej przez Naczelną Prokuraturę Wojskową Federacji Rosyjskiej bez przestawienia żadnych zarzutów negatywnie wpłynęło na wzajemne relacje. Polska nie przyjęła tej decyzji i dalej domagała się uznania zbrodni katyńskich za zbrodnię przeciwko ludzkości. Kolejny zgrzyt dotyczył udział prezydenta Kwaśniewskiego podczas obchodów zakończenia II wojny światowej. Polski prezydent został ustawiony na dalszym miejscu. Sam fakt, że prezydent Kwaśniewski udał się na uroczystość był w Polsce odebrany negatywnie, a prezydenta krytykowano za to posunięcie. Jesienią 2005 władzę w Polsce przejął nowy rząd tworzony przez Prawo i Sprawiedliwość. Przyjął on „twardą politykę” wobec Moskwy.