Rosja nałożyła embargo na import polskich produktów mięsnych i roślinnych. Warszawa uznała to za akt motywowany politycznieM. Kaczmarski, W. Konończuk, Rosyjski dylemat w polityce zagranicznej Polski po 1999 roku, [w:] A. Gil, T. Kapuśniak (red.), Polityka wschodnia Polski. Uwarunkowania. Koncepcje. Realizacja, Instytut Europy Środkowo-Wschodniej, Lublin 2009, .. Negatywnie na relacjach odbiło się także porozumienie rosyjsko-niemieckie o budowie gazociągu Nord Stream. Miał on omijać Polskę (naturalny kraj tranzytowy) i biec po dnie Morza Bałtyckiego. W RP media dużo pisały na ten temat. Umowa ta zachwiała jednością UE, gdy Niemcy nie wzięły pod uwagę polskiego głosu sprzeciwu. Oprócz tego miały miejsce i inne negatywne gesty po obu stronach, a Polska coraz bardziej zaostrzała politykę wobec Rosji. Gdy nie udało się uzyskać pomocy ze strony Komisji Europejskiej w sprawie rosyjskiego embarga, Polska zablokowała w listopadzie 2006 roku zatwierdzenie mandatu na negocjowanie nowego Układu o Partnerstwie i Współpracy (PCA-2).