OT Logistics jest jednym ze znaczących w kraju operatorów przeładunków w portach morskich. Jest właścicielem terminali przeładunkowych: OT Port Świnoujście (uniwersalny port będący największym centrum obsługi ładunków masowych na polskim wybrzeżu), OT Port Gdynia (najbardziej uniwersalny terminal morski na wschodnim wybrzeżu, z jedynym w Polsce nabrzeżem dla statków typu ro-ro), OT Port Kołobrzeg (6. pod względem wielkości port morski w Polsce), OT Port Wrocław (port śródlądowy w sercu Wrocławia), Port Śródlądowy w Opolu (usytuowany nad kanałem Odry, nieopodal głównych tras komunikacyjnych). W 2015 roku została również sfinalizowana umowa z Zarządem Morskiego Portu Gdańsk na dzierżawę Portu Zewnętrznego na 30 lat, gdzie planowana jest budowa największego na południowym Bałtyku terminalu do obsługi. W 2015 r. sfinalizowano również zakup przez OT Logistics ponad 20% udziałów w spółce zarządzającej portem w Rijece w Chorwacji.