Historia PŻnO Polska Żegluga na Odrze Sp. z o.o. powstała w 1946 roku na mocy uchwały Rady Ministrów. Siedzibą spółki został wyznaczony Wrocław, a udziałowcami w niej były: Polskie Drogi Wodne, Centrala Zbytu Produktów Przemysłu Węglowego, Centrala Przemysłu Hutniczego, Zjednoczenie Fabryk Cementowych, Centrala Produktów Naftowych, samorząd miasta Wrocławia, samorząd miasta Szczecina i samorząd miasta Poznania. Celem powołania spółki było prowadzenie i rozwój polskiej żeglugi towarowej na Odrzańskiej Drodze Wodnej.
Polska Żegluga na Odrze zastąpiła w swojej funkcji tymczasowy organ administracyjny – Komisariat Żeglugi na Odrze, który istniał w latach 1945–1946. Spółka posiadała oddziały w: Gliwicach, Wrocławiu i Szczecinie oraz ekspozytury w: Gliwicach, Koźlu, Opolu, Malczycach, Głogowie, Kostrzynie, Świnoujściu i Poznaniu. Zarządzała ponadto wszystkimi stoczniami odrzańskimi. Głównym ładunkiem przewożonym w tym czasie przez PŻnO był węgiel kamienny wydobywany w kopalniach na Górnym Śląsku, a dostarczany do elektrowni położonych wzdłuż Odry. Ponadto przedsiębiorstwo zajmowało się wydobywaniem z rzek wraków barek i statków oraz ich remontem.