W latach 1951–1953 PPŻnO borykało się z problemami, m.in.: brakami w kadrze załóg pływających, brakami w dostawach nowym jednostek pływających, stagnacją i zahamowaniem tempa wzrostu odrzańskich przewozów. Po 1954 roku nastąpiły jednak pewne zmiany. Wprowadzono do eksploatacji nowe jednostki, żeglugę całodobową, podjęto pionierskie eksperymenty z wykorzystaniem pchaczy i rozpoczęto dochodowe przewozy w relacjach zagranicznych. Eksportowano w tym czasie główne węgiel kamienny do NRD i Berlina Zachodniego.
W 1956 roku wprowadzono w PPŻnO nową strukturę organizacyjną. Zostały zmienione zespoły portowe, powołano przedstawicielstwo przedsiębiorstwa w Berlinie. W 1957 roku zaczęto handlować żwirem pozyskiwanym podczas prac hydrotechnicznych z dna Odry. W 1957 roku PPŻnO rozpoczęło przewozy rudy i fosforytów do Czechosłowacji, a w 1958 roku podjęto decyzję o budowie nowoczesnej floty. Ruszyła w tym czasie seryjna produkcja barek motorowych typu BM-500.