Opowiadał się przeciwko natychmiastowemu utworzeniu Zakaukaskiej Republiki Radzieckiej, łączącej ziemie Azerbejdżanu, Armenii i Gruzji, co forsował Sergo Ordżonikidze. Stanowisko Macharadzego podzielali inni czołowi gruzińscy bolszewicy - Budu Mdiwani, Kote Cincadze i Micha Okudżawa. Wszyscy sądzili, że o ile zjednoczenie Zakaukazia w jednej republice jest pożądane w dalszej perspektywie, nie może być przeprowadzane siłowo i bez poparcia miejscowej ludności. Następnie zmienił swoje stanowisko, akceptując integrację trzech republik. Po ogłoszeniu powstania Federacyjnego Związku Republik Zakaukazia bez uwzględnienia sprzeciwów czołowych gruzińskich bolszewików oprotestował zarówno samą formę podjęcia tej decyzji, jak i wskazywał różnice gospodarcze między Armenią, Azerbejdżanem i Gruzją jako źródło nieuniknionych konfliktów w nowo utworzonej republice. Republika Zakaukaska powstała ostatecznie na I Zjeździe Rad Zakaukazia w grudniu 1922.