W czasie wojny był także współwydawcą różnych pism prawniczych i kierownikiem Wydziału Prawa Policyjnego na Uniwersytecie w Berlinie.

II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej Best, jako jeden z najwyższych oficerów SD, brał udział w organizowaniu terroru w okupowanej Polsce (m.in. w prześladowaniach Żydów i mordowaniu polskiej inteligencji). Następnie od czerwca 1940 do sierpnia 1942 roku był przydzielony do wojskowej administracji niemieckiej w okupowanej Francji jako tzw. Ministerialdirektor. Jego zadaniem była „dejudaizacja” Francji (co sprowadzało się do deportacji miejscowych Żydów do obozów zagłady) oraz walka z Ruchem Oporu. Od 1942 do 1945 roku był pełnomocnikiem Rzeszy w okupowanej Danii, gdzie jego kompetencje i zadania były podobne jak we Francji. Tym razem jednak Best w inny sposób niż w tym ostatnim państwie przeprowadził w Danii „dejudaizację”. Poinformował miejscowe władze o planowanym aresztowaniu i deportacji Żydów, co umożliwiło ogromnej większości z nich ucieczkę do neutralnej Szwecji. Motywy zachowania Besta, który wcześniej uczestniczył w eksterminacji Żydów polskich i francuskich, nie są znane.