Najprawdopodobniej postanowił zaoszczędzić sobie kłopotu z deportacjami, dokonując „dejudaizacji” Danii w inny sposób.
Okres powojenny Werner Best został schwytany po zakończeniu wojny przez aliantów i wydany władzom duńskim. W 1948 roku został za zbrodnie popełnione na narodzie duńskim skazany na karę śmierci, którą sąd wyższej instancji zamienił na więzienie. W 1951 roku, pod naciskiem władz RFN, Best został zwolniony i zamieszkał w Mülheim an der Ruhr (Zagłębie Ruhry), gdzie pracował jako prokurent w spółce Hugo Stinnes. W 1958 roku został skazany przez zachodnioniemiecki sąd denazyfikacyjny za udział w kierownictwie SS na karę grzywny w wysokości 70 tysięcy marek. W 1969 roku został aresztowany pod zarzutem organizowania masowych morderstw w okupowanej Polsce, lecz w 1972 roku został zwolniony z powodów zdrowotnych (zarzutów jednak formalnie nigdy nie wycofano). Występował jako świadek obrony w niektórych procesach przeciwko hitlerowskim zbrodniarzom wojennym w sądach zachodnioeuropejskich i służył pomocą historykom zachodnioeuropejskim jako „ekspert”.
Przypisy