Wyższa czułość jest pożądana, ale może obniżyć SNR, biostabilność – określa, czy próbka nie rozkłada się lub nie traci właściwości w środowisku biologicznym, toksyczność chemiczna – szkodliwy wpływ na układ biologiczny, dystrybucja – przestrzenny rozkład znacznika w próbce. Znaczniki rozpuszczalne rozkładają się równomiernie, zaś stałe mają tendencję do pozostawania w jednym miejscu.
Znaczniki rozpuszczalne Głównymi zaletami znaczników rozpuszczalnych są równomierne rozmieszczenie, dostęp do głęboko położonych narządów i automatyczne usuwanie z układu in vivo.
Pierwszymi znacznikami tego typu były nitroksydy. W porównaniu ze stałymi znacznikami, nitroksydy mają niski SNR i małą czułość na stężenie tlenu. W celu poprawy czułości możliwe jest stosowanie perdeuterowanych nitroksydów lub zamykanie ich w lipofilnych środowiskach. Można również manipulować ładunkiem nitroksydów w celu umożliwienia przejścia przez błonę komórkową.
Rodniki tritylowe (TAM), zawierające 12 atomów siarki, są analogami rodników trifenylometylu. Rodniki te posiadają pojedynczą ostrą linię EPR i poprawę SNR o jeden rząd wielkości w stosunku do innych znaczników spinowych.