Różnice tekstu w porównaniu z Biblią hebrajską Z zachowanych do dziś manuskryptów Pięcioksięgu samarytańskiego tylko nieliczne pochodzą sprzed XIII wieku n.e. W tekście samarytańskim doliczono się około 6000 różnic w stosunku do tekstu hebrajskiego. Ogromna większość różnic jest całkowicie nieistotna z punktu widzenia krytyki tekstu. Zasadniczo Pentateuch samarytański jest bardziej zgodny z tekstem masoreckim niż z Septuagintą, naliczono jednak około 1900 miejsc w których wspiera LXX przeciw TM, lecz najczęściej są to mało istotne warianty. Natomiast różni się od TM i LXX w miejscach gdzie tekst zawiera dane liczbowe, jak na przykład podając wiek patriarchów w Rdz 5:19-31 i 11:10-26. Zarówno to, że tekst samarytański jest bliższy TM niż LXX oraz odkryte w Kumran rękopisy 4Q22 (4QpaleoExodm), 4Q27 (4QNumb) oraz 4Q41 (4QDeutn) zdają się potwierdzać tezę o pochodzeniu Pentateuchu samarytańskiego od wcześniejszego tekstu hebrajskiego istniejącego w Palestynie a nazywanego tekstem protosamarytańskim.