Mimo sporego zaangażowania, żadnej ze stron nie udało się uzyskać przewagi. Ponadto umysł króla Francji Karola VIII zaprzątała wizja wielkiej wyprawy do Włoch. Sprzyjało to porozumieniu. Ostateczny traktat zawarto w 1493 w Senlis. Na jego podstawie w 1494 Maksymilian (od zeszłego roku król niemiecki) zrzekł się regencji i 16-letni Filip rozpoczął rządy osobiste. Był jednak w znacznym stopniu uzależniony od decyzji stanów niderlandzkich. W 1495 złożył hołd lenny z Flandrii królowi Karolowi VIII. Jego rządy nie były pomyślne dla Niderlandów. W 1505 Filip zawarł niekorzystny dla Niderlandów traktat handlowy z Anglią, zwany Malus intercursus.
thumb|left|380px|Filip I Kastylijski i jego żona, Joanna Szalona
20 października 1496 poślubił w Lier Joannę (6 listopada 1479 – 12 kwietnia 1555), córkę króla Aragonii Ferdynanda Aragońskiego i królowej Kastylii Izabeli I Kastylijskiej, córki króla Jana II Kastylijskiego. Joanna była wówczas trzecia w kolejce do tronu Aragonii i Kastylii (po swoim bracie Janie i siostrze Izabeli). Małżonkowie zamieszkali we Flandrii. Filip i Joanna mieli razem dwóch synów i cztery córki. Małżeństwo Filipa i Joanny było bardzo nieudane z powodu niewierności męża.