Olbrzymia zazdrość Joanny, razem z jej neurotycznym charakterem, doprowadziła ją do choroby psychicznej, jeszcze przed śmiercią jej matki w 1504.
Tymczasem skomplikowała się sytuacja dynastyczna w Hiszpanii. W 1497 zmarł nagle następca tronu, książę Jan. Rok później zmarła Izabela, wydana za króla Portugalii Manuela I. Pozostawiła ona syna Michała, dziedzica trzech koron (Aragonii, Kastylii i Portugalii). Jednak infant zmarł w 1500 w wieku zaledwie 2 lat. Dziedziczką korony Kastylii i Aragonii została Joanna. Została ona bez problemów uznana w Kastylii, ale nie uznali jej Aragończycy, gdyż uważali, że król Ferdynand może mieć jeszcze synów. Nasilająca się wówczas choroba psychiczna Joanny oznaczała, że realna władza spocznie w ręku jej męża. thumb|left|120px|Herb Hrabia palatyn Burgundii thumb|left|120px|Herb Król Kastylii i Leónu
W 1502 Filip wyruszył z żoną do Kastylii by odebrać od Kortezów przysięgę wierności jako królowi-małżonkowi. Filip z większością dworu powrócił następnie do Niderlandów, pozostawiając Joannę w Madrycie.