Kiedy Izabela Katolicka zmarła, szlachta kastylijska nie zgodziła się na regencję jej męża Ferdynanda. W tym samym czasie wezwany został do Hiszpanii Filip, gdyż uznano go za prawowitego króla. Razem ze swoją żoną przypłynął do miasta La Coruña 28 kwietnia 1506 w towarzystwie niemieckich najemników. Doszło do negocjacji pomiędzy dwoma kandydatami do korony Kastylii, prowadzonych przez kardynała Cisnerosa. Zakończyły się jednak fiaskiem, gdy Ferdynand oświadczył, że broni praw swojej córki, więzionej przez Filipa.
Prawdopodobnie doszłoby do wojny domowej, ale Filip nagle ciężko zachorował i ostatecznie zmarł 25 września 1506.
Mimo iż Filip był niewierny i źle ją traktował, Joanna bardzo przeżyła śmierć męża. Rozpacz po jego śmierci pogłębiła obłęd królowej. Nie chciała przyjąć do wiadomości zgonu Filipa. Zabroniła pochowania jego ciała, traktowała je jak żywą osobę – kazała nosić je w lektyce, kłaść do małżeńskiego łoża, ubierać i rozbierać. Zgodziła się złożyć ciało do trumny, kiedy zapewniono ją, że przyspieszy to zmartwychwstanie Filipa. Trumnę przewieziono z klasztoru Miraflores do Tordesillas. Podróżowano tylko nocą, gdyż Joanna twierdziła, że wdowa, która straciła światło swej duszy, nie powinna oglądać światła dziennego. Joanna była o zwłoki męża obsesyjnie zazdrosna.