Młodość Jan był nieślubnym synem królewicza Zygmunta, przedostatniego syna króla Kazimierza Jagiellończyka. Zygmunt od początku roztoczył ojcowską opiekę nad Janem. Dziecko wychowywało się początkowo w Krakowie. Środki pieniężne na ten cel ojciec zdeponował u krakowskiego rajcy Keysera. Później Jan przebywał w Budzie, gdzie królewicz Zygmunt na dworze brata Władysława oczekiwał na rodzinne rozstrzygnięcia co do jego dalszego losu. Po uzyskaniu nominacji na namiestnika Śląska i Dolnych Łużyc królewicz zabrał na swój dwór w Głogowie syna wraz z matką. Po wstąpieniu Zygmunta na tron Polski wszyscy przeprowadzili się na Wawel. Jan przeznaczony został od początku do stanu duchownego i w tym kierunku był starannie kształcony.
Jedenastoletniego chłopca ojciec mianował w 1510 r. kanonikiem krakowskim, wystarał się mu oczywiście przy tym o dyspensę od przeszkód kanonicznych u papieża Juliusza II oraz o nadanie szlachectwa. W latach 1512–1516 Jan studiował prawo rzymskie i kanoniczne na uniwersytecie w Bolonii. W tym czasie Zygmunt I (ok. 1514) nadał mu tytuł „z Książąt Litewskich”. Pomimo braku święceń kapłańskich książę czynił postępy w kościelnej karierze. Jeszcze podczas studiów we Włoszech otrzymał kolejną prebendę, prepozyturę płocką, a w 1516 r. został dodatkowo kanonikiem poznańskim.