W latach 1518–1519 Jan pełnił funkcję jednego z sekretarzy królewskich.
Biskup wileński Trudne początki Ojciec zamierzał wystarać się mu o jakieś biskupstwo na Węgrzech, jednak ostatecznie posłał syna na Litwę. W 1519 roku papież Leon X wyraził zgodę na objęcie przez Jana biskupstwa wileńskiego. Biskup nadal nie miał święceń kapłańskich. Prawdopodobnie wiązało się to z rodzącymi się od czasu do czasu projektami ożenienia go, np. w 1526 r. z księżną mazowiecką Anną i nadania mu w lenno Mazowsza. Dopiero w 1531 r. książę nabrał ostatecznie pewności, że pozostanie w stanie duchownym i przyjął święcenia.
Litewska magnateria niechętnie przyjęła królewskiego syna, uważając, zresztą słusznie, że będzie on rzecznikiem polityki Zygmunta I na Litwie. Młody biskup wykazywał dużą pobłażliwość dla matki (zm. 1528), która przybyła do Wilna razem z nim. Katarzyna Kościelecka była już wówczas wdową i nie miała najlepszej opinii. Otaczała się młodymi mężczyznami. Posądzano ją o trudnienie się znachorstwem i czarami. Bezceremonialnie mieszała się do zarządu diecezji, co zmusiło nuncjusza papieskiego Zachariasza Ferreriusa do ingerencji i zlecenia opieki nad diecezją wileńską biskupom: krakowskiemu i łuckiemu. Zachowanie matki pogłębiało również niesnaski między Janem a panami litewskimi.