W 1526 r. Jan, wspólnie z wojewodą kijowskim, ojcem Barbary Radziwiłłówny, Jerzym Radziwiłłem, wysunął na zjeździe warszawskim postulat podniesienia Litwy do godności królestwa. Projekt spotkał się z ostrym sprzeciwem panów polskich i upadł. W 1529 roku Jan pokierował ważną dla domu jagiellońskiego akcją wyniesienia królewicza Zygmunta Augusta na tron wielkoksiążęcy (18 października). W tym czasie biskup prowadził w imieniu króla i po myśli Bony całokształt litewskiej polityki łącznie z utrzymywaniem stosunków dyplomatycznych w imieniu Wielkiego Księstwa, m.in. z księciem Albrechtem Hohenzollernem, Ferdynandem I i hospodarem mołdawskim Piotrem Rareszem. Wspierał fortyfikowanie granic państwa, interesował się sprawami obrony przed najazdami tatarskimi. Jako członek rady książęcej (biskup wileński wchodził do niej z urzędu) czynnie uczestniczył w jej posiedzeniach i brał udział w obradach sejmu litewskiego. Towarzyszył królowi podczas jego pobytów na Litwie, często też pojawiał się na dworze wawelskim.