Wobec narastających w Egipcie protestów antyprezydenckich, 1 lipca 2013 dał politykom dwudniowe ultimatum, oczekując uspokojenia nastrojów w kraju, które zostało jednak zignorowane. Wobec tego 3 lipca o godzinie 17:00 wojsko poinformowało prezydenta o odsunięciu go od obowiązków, a kilkadziesiąt minut później decyzję ogłoszono społeczeństwu. Jeszcze tego samego dnia aresztowano ok. 300 działaczy Bractwa Muzułmańskiego oraz powiązanych z nim organizacji, a także zamknięto biura telewizji Al-Dżazira.
16 lipca 2013 zaprzysiężony w gabinecie Hazima al-Biblawiego na stanowisko ministra obrony. Tym samym utrzymał tekę ministra tego resortu. As-Sisi został także wicepremierem.
Działalność po zamachu stanu W ocenach analityków i obserwatorów sytuacji w Egipcie to as-Sisi był najważniejszą postacią w nowym rządzie.
24 lipca 2013, w czasie manifestacji obrońców obalonego rządu i kontrmanifestacji ich przeciwników, wezwał Egipcjan do kontynuowania ulicznych protestów przeciwko Braciom Muzułmanom, aby wojsko zyskało mandat społeczny do „zwalczania przemocy i potencjalnych terrorystów”. Poparł go ruch społeczny Tamarrud, wcześniej występujący przeciwko Muhammadowi MursiemuEgyptian army chief calls for street protests.