Jego słowa zostały odczytane przez zwolenników obalonego prezydenta jako wezwanie do wojny domowejMuslim Brotherhood: General Sisi 'calling for civil war'. 26 lipca faktycznie doszło do manifestacji, których uczestnicy wyrażali poparcie dla rządu tymczasowego.
14 sierpnia 2013 wojsko rozpędziło obozy zwolenników Braci Muzułmanów, padło kilkaset ofiar. Robert Fisk określił to wydarzenie jako porażkę rządu kierowanego przez as-Sisiego, chociaż zaznaczył, że sam generał prawdopodobnie nie chciał masakry (podobnie jak nie życzyli jej sobie amerykańscy sojusznicy Egiptu)In Egypt General al-Sisi is at a loss – but a massacre on Eid would bring too much infamy.
Po przejęciu władzy w Egipcie przez wojsko wśród zwolenników nowego rządu wytworzył się swoisty kult as-Sisiego. Zwolennicy rządów wojska uważają, że as-Sisi wyraża życzenia i wolę narodu egipskiego. Jego fotografie widoczne są na ulicach egipskich miast, jak również na różnych przedmiotach, np. kubkach lub czekoladkach.