2001–2009: MTV Unplugged No. 2.0 i The Fugees mały|Hill (2005)|lewo 7 maja 2002 wydała album koncertowy pt. , będący nagraniem jej koncertu w MTV Studios w Nowym Jorku w 2001. Wydawnictwo zawierało 13 utworów, które nigdy nie zostały wydane w wersji studyjnej. Płyta zajęła trzecie miejsce na liście Billboard 200. Mimo początkowo mieszanych recenzji krążek zdobył powszechne uznanie krytyków i jest określany za jeden z najlepszych występów z cyklu MTV Unplugged. Znajdująca się na albumie piosenka „Mystery of Iniquity” została nominowana do nagrody Grammy za najlepszy kobiecy solowy występ rapowy i została wykorzystana przez Kanye Westa jako sampel w utworze „All Falls Down” (Hill została uwzględniona jako autor tekstu).

W 2003 nagrała piosenkę „The Passion” do albumu z piosenkami zainspirowanymi filmem Pasja (2004). W 2004 wystąpiła wspólnie z resztą zespołu The Fugees w trakcie Dave Chappelle’s Block Party, z grupą otworzyła również ceremonię rozdania nagród BET. Od 30 listopada do 20 grudnia odbyła z zespołem trasę koncertową na terenie Europy. 9 lipca 2005 zagrała solowy koncert w trakcie festiwalu Opener w Gdyni. W tym samym roku gościnnie wystąpiła w remixie utworu Johna Legenda „So High” z jego debiutanckiego albumu pt. Get Lifted.