W październiku 1941 został mianowany wyższym dowódcą SS i Policji Komisariatu Rzeszy Ostland, który składał się z okupowanych przez Trzecią Rzeszę: Litwy, Łotwy, Estonii i Białorusi. Przez stosunkowo krótki okres sprawowania tej funkcji dopuścił się rozlicznych zbrodni na ludności cywilnej. Franz Stahlecker został ciężko ranny w starciu z radzieckimi partyzantami koło Gatczyny i zmarł 23 marca 1942 w wyniku odniesionych obrażeń. Pochowany został w Pradze, gdzie mieszkała jego rodzina, a mowę pożegnalną wygłosił Reinhard Heydrich.

Bibliografia Biogram w jęz. angielskim

Heinz Höhne: Der Orden unter dem Totenkopf. S. Mohn, Gütersloh 1967. Helmut Krausnick, Hans-Heinrich Wilhelm: Die Truppe des Weltanschauungskrieges. Die Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des SD 1938 - 1942. DVA, Stuttgart 1981, . Hans-Joachim Lang: „Die mörderische Karriere des Walter Stahlecker“, in: Schwäbisches Tageblatt vom 18. Mai 1996. Jürgen Schuhladen-Krämer: „Die Exekutoren des Terrors. Hermann Mattheiß, Walter Stahlecker, Friedrich Mußgay. Leiter der Geheimen Staatspolizeileitstelle Stuttgart“, in: Michael Kißener u.Joachim Scholtyseck (Hrsg.): Die Führer der Provinz, Konstanz 1999, S. 405-443.

Biographisches Handbuch des deutschen Auswärtigen Dienstes 1871–1945. Band 4: S.