Mega STE było wersją STE na rynek profesjonalny w obudowie desktop (podobnej jak Atari TT na pierwszy rzut oka różniącej się tylko kolorem), mającą następujące dodatki: procesor pracujący z prędkością 16 MHz (z możliwością programowego przełączenia do 8 MHz w celu zachowania pełnej kompatybilności). 16 KB pamięci podręcznej dla procesora (z możliwością wyłączenia w celu zachowania pełnej kompatybilności), złącze kart rozszerzeń w standardzie VME zegar czasu rzeczywistego nowa wersja TOS – 2.0 opcjonalnie: kontroler dysku twardego ACSI z adapterem do SCSI dysk twardy przeznaczony do współpracy z komputerami Mega ST (stąd nazwa), ale współpracujący ze wszystkimi modelami ST(E). Komunikacja z komputerem za pomocą interfejsu ACSI. Wewnątrz znajduje się kontroler ACSI ↔ ST506/412. Wyposażony w napęd MFM o pojemności 30 MB. gniazdo na koprocesor matematyczny MC68881
Atari STacy – pierwszy komputer przenośny,
Atari STBook – pierwszy laptop, oparty na procesorze MC68HC000, z wbudowanym kontrolerem IDE, dysk 40 MB, brak stacji dysków.
Atari 2080 STF – wersja zmodyfikowana przez lokalnego dystrybutora za zgodą firmy Atari, rozprowadzana jedynie w byłej Jugosławii oraz na Węgrzech;