Ponadto MEGA ST jako pierwszy komputer serii ST ma Blitter oraz złącze rozszerzeń MEGABUS.
Atari STE (E to skrót od enhanced) dostępny był w dwóch wersjach (Atari 520 STE i Atari 1040 STE) różniące się jedynie wielkością pamięci. STE zawierało kilka ulepszeń: paleta kolorów rozszerzona do 4096, BLiTTER Ulepszony Shifter dwa przetworniki cyfrowo-analogowe o rozdzielczości 8 bitów i maksymalnej częstotliwości próbkowania 50066 Hz z możliwością regulacji basów, sopranów oraz głośności, 2 złącza D-SUB piętnastoigłowe dżojstika do podłączenia dwóch Enhanced Controllers, wiosełek analogowych lub czterech dżojstików cyfrowych. 2 stereofoniczne wyjścia dźwiękowe chinch, pamięć rozszerzalna modułami SIMM do maksymalnie 4 MB, w pierwszych wersjach były to moduły SIPP. TOS w wersji 1.62