Typowe układy scalone Układy użyte w ST, lecz nie zaprojektowane specjalnie dla niego: Procesor Motorola MC68000 WD1772 pełni funkcję kontrolera stacji dysków w ST, Nieliczne egzemplarze mają zgodny z WD1772 układ AJAX, MFP (Multi-Function Peripheral) MC68901 jest układem wejścia/wyjścia przeznaczonym do współpracy z MC68000, kontroluje między innymi port RS-232 oraz generuje przerwania dla procesora. ST zawiera dwa układy ACIA (Asynchronus Communication Interface Adapter). Jeden służy do komunikacji w standardzie MIDI, drugi natomiast zapewnia komunikację z klawiaturą. YM 2149 jest układem dźwiękowym z rodziny AY-3-8190. Procesor 6301 pełni funkcję kontrolera klawiatury, a także zapewnia obsługę myszy i dżojstików. STE ma LMC 1992. Układ ten umożliwia regulację głośności dźwięku, basów oraz sopranów.
System operacyjny Systemem operacyjnym Atari ST jest Atari TOS. W pierwszej wersji był on dostarczony na dyskietce; wszystkie późniejsze były zapisane w pamięci ROM, początkowo o pojemności 192 KB, później – 256 KB.