Modele thumb|Mega ST Wszystkie komputery linii mają bardzo zbliżone parametry. Różnice można odczytać z nazwy konkretnego modelu. Główne różnice to: Ilość pamięci (określana przez liczbę w nazwie modelu) 130 ST – 128 KB RAM (model nigdy nie produkowany seryjnie, istniał jedynie jako prototyp i maszyna wystawowa), 260 ST – 256 KB RAM, 260 ST+ – 512 KB RAM, 520 ST – 512 KB RAM, 520 ST+ – 1024 KB RAM, 1040 ST – 1024 KB RAM, Brak lub wbudowana stacja dysków 3.5' o pojemności SS DD (360 KB, wczesne modele STF i STFM) lub DS DD (720 KB, późniejsze modele STF i STFm oraz STE), Brak lub wbudowany modulator telewizyjny (modele STM i STFM oraz STE),
(przykładowe oznaczenie: Atari 520 STF)
Pozostałe komponenty (układy scalone) były niemal identyczne dla każdego modelu (aczkolwiek istniało kilka wersji płyt głównych).
Atari Mega ST ST, tak jak wiele innych komputerów ówcześnie produkowanych, produkowany był w odbudowie zintegrowanej z klawiaturą. Produkowana była także wersja MEGA ST w obudowie pizza desktop z podłączaną klawiaturą przeznaczona na rynek profesjonalny. Ilość pamięci było oznaczana dodatkową cyfrą (2, 4 lub brak w przypadku wersji 1 MB) oznaczającą ilość megabajtów.