Gdy Aguinaldo przebywał na wygnaniu w Hongkongu, na początku 1898 r. skontaktowali się z nim amerykańscy posłowie. Po bitwie w Zatoce Manilskiej Amerykanie pilnowali strategicznych punktów archipelagu (w tym Manilę) przy pomocy floty, a wojska Aguinaldo zajęły sporą część lądu. 12 czerwca 1898 r. Aguinaldo ogłosił niepodległość Filipin, natomiast 23 stycznia utworzenie Pierwszej Republiki Filipin. Bezpośrednią przyczyną wojny było więc zajęcie Filipin przez USA w wyniku starcia Amerykanów z Hiszpanami. W styczniu 1899 r. już było wiadome, że USA nie uznają niepodległości kraju i według ustaleń traktatu paryskiego z 10 grudnia 1898 r., zostanie on amerykańską kolonią. W parlamencie Stanów Zjednoczonych zostało to uchwalone 6 lutego 1899 r. Aguinaldo rozpoczął przygotowania do wojny dużo wcześniej.