W tym samym roku Ahmad Hasan al-Bakr usynowił swojego kuzyna Saddama Husajna i mianował go swoim zastępcą w strukturach partyjnych.
W celu umocnienia władzy, od jesieni 1968 roku irackie służby specjalne przeprowadziły na szeroką skalę serię czystek, w rezultacie których aresztowano wiele osób, które w mniemaniu partii Baas mogły przedstawiać dla niej zagrożenie. W szczególności usunięto ze stanowisk w armii i służbach bezpieczeństwa oficerów uznanych za nielojalnych, zastępując ich niedoświadczonymi politykami partii Baas. Do każdego oddziału skierowano partyjnego aktywistę spełniającego obowiązki komisarza politycznego; o obsadzie tych stanowisk decydowali al-Bakr i Saddam Husajn. Ponownie zaatakowano również partie opozycyjne, zarówno lewicowe, jak i prawicowe. Do końca 1968 aresztowano kilkuset oficerów, czterdziestu zagranicznych biznesmenów i liczną grupę polityków, w tym komunistów, naserystów i sympatyków syryjskiej gałęzi partii Baas, z którą organizacja iracka była skłócona. Część z tych ludzi została następnie skazana na śmierć i publicznie stracona lub zmarła w więzieniu (albo krótko po zwolnieniu) wskutek tortur. Kolejna fala represji przeciwko Irackiej Partii Komunistycznej, podczas której wskutek tortur zmarło kilku jej czołowych działaczy, nastąpiła w 1971.