i skazanie na odebranie praw szlacheckich oraz zesłany na Syberię, początkowo na Zabajkale koło Czyty, potem na zachód od jeziora Bajkał. Już w drodze gromadził i porządkował zbiory, posługując się lupą sporządzoną ze stłuczonej karafki. Po przeniesieniu go w okolice Bratskiego Ostroga nad Angarą kilka lat żył w nędzy. Mimo srogiego klimatu i ciężkiej pracy u chłopów nie porzucił pracy naukowej. Studiował geologię tzw. Lądu Angary, dokonując obserwacji meteorologicznych za pomocą przyrządów własnego pomysłu.
Z trudnej sytuacji wybawił go w 1866 r. Fryderyk Schmidt, poznany jeszcze w Dorpacie. Nabył on zgromadzone przez Czekanowskiego zbiory oraz zamawiał dalsze, zaopatrywał go także w książki. Dwa lata później uzyskał u władz zwolnienie Czekanowskiego z prac przymusowych i przeniesienie go do Irkucka, gdzie zaczął działać w Syberyjskim Oddziale Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego, m.in. prowadząc badania w południowej części guberni irkuckiej (1869–71). W 1871 razem z Wiktorem Godlewskim oraz Benedyktem Dybowskim dokonał badań północnej części jeziora Chubsuguł w Mongolii. Badał również tereny górnego biegu Dolnej Tunguzki i notował spostrzeżenia z wyprawy przez Oleniok. Napisał pierwsze wiarygodne dane o geologii rejonu Dolnej Tunguzki (1873), południowego biegu Leny oraz rejonu Oleniok (1874–1875).