Nad Dolną Tunguzką odkrył pokłady węgla i grafitu.
W 1876 pozwolono mu przyjechać do Petersburga, gdzie rozpoczął prace związane z opracowaniem zebranych materiałów geograficznych, geologicznych i paleontologicznych. Zbiory botaniczne i zoologiczne zebrane przez Czekanowskiego zostały opisane przez szereg innych uczonych. Swoje obserwacje z wszystkich wypraw zawarł w wielu publikacjach, które jednak nie są w pełni znane w Polsce. Poza działalnością pisarską zajmował się również kolekcjonowaniem skamieniałości roślin i owadów.
Zmarł r. w wyniku zatrucia amoniakiem, być może w wyniku zatrucia wewnętrznego z powodu niewydolności nerek, być może z powodu wypadku przy preparowaniu zbiorów lub – jak się twierdzi – najczęściej w wyniku samobójstwa spowodowanego prawdopodobnie postępującą chorobą nerwową i depresją, a być może oskarżeniami o defraudację pieniędzy na kolejną wyprawę. Wersję o celowym zażyciu amoniaku w celach samobójczych podważa Zbigniew Wójcik, twierdząc, że uczony miał dostęp do znacznie skuteczniejszych trucizn.
Odznaczenia Za swoje badania otrzymał m.in.