złoty medal Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego (1870), złoty medal Międzynarodowego Kongresu Geograficznego w Paryżu.
Prace Badania geologiczne guberni irkuckiej (1874); Dziennik ekspedycji po rzekach Dolna Tunguska, Oleniok i Lena w 1873–1875 (1896).
Upamiętnienie Jego imieniem nazwano pasmo górskie na Syberii między rzekami Leną i Oleniok – Góry Czekanowskiego, szczyt nad Bajkałem, osiedle typu miejskiego (do r. 1963 Anzebi, obecnie mikrorejon Bracka), ulice w Częstochowie (Północ), Gliwicach (Żerniki), Lublinie (dzielnica Wrotków), Pruszczu Gdańskim oraz w Zielonej Górze (Jędrzychów, Osiedle Uczonych), a niegdyś także w Łodzi.
Nazewnictwo gatunków Na jego cześć nazwano rodzaj wymarłych roślin okresu jurajskiego – CzekanowskiaКрымгольц Г.Я., Крымгольц Н.Г., 2000: Имена отечественных геологов в палеонтологических названиях. Санкт-Петербург, Российская Академия Наук, Палеонтологическое общество при РАН, str. 123-124. (klasa miłorzębowych), rodzaj środkowotriasowego amonita Czekanowskites, znanego z SyberiiPaleobiology Database oraz wczesnotriasowego amonita Prosphingites czekanowskiiPaleobiology Database.