Wielki mistrz od epoki baroku ubrany był w drogocenny, soboli płaszcz (który nie jest już używany), na szyi miał łańcuch z herbem zakonnym, u boku nosił miecz, a na jego głowie spoczywał biały jedwabny kapelusz, zwany galerus.
Organizacja zakonna Organizacja zakonu była wzorowana na istniejących już wówczas zakonach szpitalnych, takich jak joannici, templariusze, lazaryci czy duchacy.
Na czele całego zgromadzenia stał mistrz. Od 1305 mistrz zakonu był tytułowany jako supremus magister (najwyższy mistrz). W 1378 w stosunku do najwyższego zwierzchnika zgromadzenia użyto tytułu mistrz-generał, a w 1535 w oficjalnej korespondencji pojawił się tytuł wielkiego mistrza.
Mistrz do pomocy miał stałą radę złożoną z czterech zakonników. Siostry miały nad sobą mistrzynię. W każdym szpitalu pracowały co najmniej trzy zakonnice, które mieszkały w osobnych budynkach. W podległych placówkach siostry zajmowały się opieką nad kobietami, a bracia zakonni – nad mężczyznami.
Klasztory na Śląsku i Kujawach tworzyły wyodrębnioną grupę w strukturze zakonu. Miały one prawo wybierać swojego mistrza prowincjonalnego, rezydującego w Pradze, cieszyły się też dużą niezależnością w stosunku do domu macierzystego w Pradze.