Gotycki kościół pw. św. Ducha wraz z klasztorem i szpitalem funkcjonował do 1378, kiedy to wielki pożar zniszczył zabudowania (odbudowano go dopiero w XVII wieku, już w stylu barokowym i zmieniono wezwanie na św. Franciszka). Okres wojen husyckich w XV wieku i szerzenie się protestantyzmu w XVI wieku zakończyły okres świetności zakonu i spowodowały duże straty w majątku zakonnym. Spowodowało to zmniejszenie się znaczenia i wpływów zakonu. Od XVIII wieku zakon skupiał jedynie duchownych – kapłanów i braci zakonnych, stając się zakonem kanoników regularnych.
Zakon na obecnych ziemiach polskich Zakon sprowadziła na Śląsk do Wrocławia z Pragi księżna Anna, wdowa po księciu Henryku II Pobożnym. Fundacja doszła do skutku w 1253, choć najwcześniejsza wzmianka o krzyżowcach wrocławskich pochodzi z 1248. W drugiej połowie XIII w. zakon był najpoważniejszą instytucją zajmującą się szpitalnictwem na Śląsku i posiadał swoje szpitale w Bolesławcu (rok założenia – przed 1260), Świdnicy (1283), Ziębicach (1282), Legnicy (1288) i Kluczborku (prawdopodobnie odegrali rolę w powstaniu tego miasta, a na pewno od 1298 sprawowali opiekę duszpasterską w tamtejszym kościele farnym). Na Kujawach szpitale zakonne znajdowały się w Inowrocławiu (przed 1268) i Brześciu Kujawskim (1294).