Z jego koncepcjami polemizowali, także po jego śmierci, reprezentanci umiarkowanego skrzydła organizacji.

W 1957 był jednym z 800–900 uwięzionych działaczy islamistycznych, którzy odmówili wyrażenia poparcia dla rządu Nasera, w zamian za zwolnienie z więzienia.

W sierpniu 1965 Bracia Muzułmanie zostali oskarżeni o przygotowywanie zamachu na Nasera oraz jego bliskich współpracowników. Doszło do aresztowania kolejnej grupy działaczy islamistycznych, w tym Najwyższego Przewodnika Braci Hasana al-HudajbiegoJ. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna. Nurt Braci Muzułmanów, Askon, Warszawa 2009, s.69-71.. Kilkuset z nich stanęło przed sądem, zaś siedmiu, w tym Kutb, zostało skazanych na śmierć i straconych. Bracia Muzułmanie, przede wszystkim ich radykalne skrzydło, uznali go za męczennika.

Poglądy Kutb domagał się całkowitej islamizacji życia społecznego i politycznego, walki z odstępstwami od islamu na rzecz innych wyznań i z ateizmem.